Pada awal perkembangannya, pelabuhan yang dikenal sebagai pelabuhan Tanjung Pinang adalah pelabuhan Sri Bintan Pura yang ada saat ini, dengan sarana dan fasilitasnya dibangun pada tahun 1925. Pada waktu tersebut pelabuhan ini hanya digunakan untuk kegiatan operasional kapal-kapal perang dan kapal-kapal negara, sedangkan untuk kegiatan kapal swasta secara alamiah dilaksanakan terutama diperumahan penduduk WNI keturunan Cina, berlokasi diatas permukaan air, yang lebih terkenal dengan sebutan PELANTAR.

Setelah periode kemerdekaan, pengelola pelabuhan adalah Pemerintah Daerah setempat, dan berada dibawah Dinas Pekerjaan Umum. Pelabuhan Tanjung Pinang pada saat itu merupakan pelabuhan terbuka dengan segala kebutuhan sandang dan pangan didatangkan dari Singapore melalui pelabuhan ini. Mata uang yang dipergunakan adalah mata uang dollar Singapore dan berlaku untuk seluruh daerah Kepulauan Riau.

Melalui surat Bupati Kepala Daerah Tingkat II Kabupaten Kepulauan Riau Nomor 4902/P-4 tanggal 6 Juli 1972, mengenai penertiban di Pelabuhan, maka pengelolaan pelabuhan Tanjungpinang beralih sepenuhnya dari Pemerintah Daerah kepada Badan Penguasa Pelabuhan. Berdasarkan peraturan pemerintah Nomor 11 tahun 1983, status pelabuhan selanjutnya menjadi pelabuhan umum yang diusahakan dengan status Perum. Dengan wilayah kerja meliputi Pelabuhan Tanjung Pinang, Tanjung Uban, Sambu dan sebagian perairan Kepulauan Natuna, dan dikenal dengan Perusahaan Umum Pelabuhan I (Perumpel I).

Perubahan status dari Perum menjadi PT (Persero) adalah berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 56 tahun 1991 dan Akte Notaris Imas Fatimah, S.H Nomor 1 tanggal 01 Desember 1992 yang telah diumumkan di Berita Negara R.I Nomor 8612 tahun 1994, tambahan Berita Negara R.I Nomor 87 tanggal 1 Nopember 1994. Dan dikenal dengan PT (Persero) Pelabuhan Indonesia I (PT.Pelabuhan I), dengan wilayah kerja pengusahaan meliputi, Pelabuhan Sri Bintan Pura, Pelabuhan Sri Payung Batu Enam, Pelabuhan Sri Bayintan Kijang, Pelabuhan Tanjung Uban, Pelabuhan Batam, Pelabuhan Sambu dan Pelabuhan Tanjung Balai Karimun. Khusus untuk Pelabuhan Tanjung Uban, Batam dan Sambu sampai dengan saat ini kegiatan pengusahaan pelabuhan hanya berupa pelayanan pemanduan.

Pelabuhan Sri Bintan Pura yang terletak di tengah kota Tanjungpinang adalah merupakan cikal bakal dari Pelabuhan Tanjung Pinang, dibangun pada tahun 1925 dengan konstruksi kayu pada masa penjajahan Belanda.

Pada awal perkembangannya, tahun 1950 an, selain untuk kepentingan kapal-kapal perang dan kapal negara, pelabuhan ini juga dipergunakan untuk keperluan turun naik penumpang dengan sistem “Rede Transport”, mempergunakan pompong dan kapal kecil lainnya menuju ke kapal penumpang yang berlabuh di belakang pulau Penyengat. Angkutan penumpang tersebut dengan tujuan ke Pelabuhan Belawan dan Tanjung Priok. Pada tahun 1971 kapal penumpang angkutan lokal, dengan tujuan ke pelabuhan-pelabuhan di Propinsi Riau telah diwajibkan untuk sandar dipelabuhan ini, dan selanjutnya diikuti dengan dimulainya angkutan kapal perintis pada tahun 1980 an.

Pada akhir tahun 1990 pemanfaatan dermaga untuk angkutan penumpang semakin meningkat seiring dengan perkembangan Pulau Batam dan dilanjutkan dengan dialihkan seluruh angkutan penumpang ke dermaga Sri Bintan Pura, yang semula mempergunakan dermaga Pelantar I untuk menaikkan penumpang, yaitu pada bulan Juli tahun 1995.

Selain untuk keperluan seperti tersebut di atas, fasilitas pelabuhan ini juga pernah dimanfaatkan untuk penyebaran penduduk Pulau Penyengat yang akan ke kota Tanjungpinang serta untuk keperluan turis yang akan ke pulau Penyengat melihat objek pariwisata bersejarah seperti Mesjid Sultan, Makam Raja Ali Haji penyair Gurindam 12, Benteng Kerajaan dan lain-lainnya. Dan untuk peningkatan pelayanan kepada penduduk dan turis, sejak bulan Agustus 1996 penyeberangan dari dan ke pulau Penyengat telah dipindahkan ke dermaga tersendiri yang telah dibangun oleh Pemda. Peresmian nama Sri Bintan Pura dilakukan pada tanggal 21 Januari 1984 oleh Direktur Jenderal Perhubungan Laut, Bapak Pongky Soeparjo bertepatan dengan peresmian Terminal Penumpang. Nama Sri Bintan Pura bermakna “Pintu Gerbang Kepulauan Riau yang Permai dan terletak di Pulau Bintan yang Gemerlapan”.

Pelabuhan Sri Payung lebih dikenal dengan sebutan Pelabuhan Batu Enam, karena letaknya 6 KM dari Pusat Kota Tanjungpinang di sepanjang alur sungai Riau. Pelabuhan ini didirikan pada masa konfrontasi dengan Negara tetangga Malaysia pada tahun 1964. Pelabuhan ini dibangun oleh Pengusaha Swasta setelah mendapat izin dari Pemerintah Daerah setempat. Setelah konfrontasi berakhir, fasilitas pelabuhan yang ada dimanfaatkan untuk kegiatan pemuatan karet ke Singapura oleh Pemilik PT.Siantan & CO Tanjung Pinang.

Sesuai kebijakan Pemerintah mengenai kegiatan pelabuhan umum yang harus ditangani oleh Pemerintah, maka sudah sewajarnya Pelabuhan Batu Enam ini dikelola oleh Pemerintah Cq. Direktorat Jenderal Perhubungan Laut. Sehubungan dengan kebijakan Pemerintah tersebut, maka berdasarkan telegram DITJENLA No.33/phbl tgl 11 Januari 1980 telah diadakan Serah Terima Pelabuhan Batu Enam dari PT. Sinatan & Co Tanjung Pinang kepada Kepala Pelabuhan Tanjung Pinang.

Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Perhubungan Laut No. DPP.30/1/10 tertanggal 6 Pebruari 1980 dukukuhkan Pelabuhan Batu Enam sebagai bagian dari pada Pelabuhan Tanjung Pinang. Pada tanggal 15 Pebruari 1980, secara resmi Pelabuhan Batu Enam dikelola sepenuhnya oleh Direktorat Jenderal Perhubungan Laut Cq. Badan Pengusaha Pelabuhan Tanjung Pinang untuk keperluan operasional sebagai pelabuhan umum. Sejak tanggal 15 Pebruari 1980 Pelabuhan Batu Enam dipusatkan untuk kegiatan bongkar/muat barang-barang bagi kapal lokal dan rakyat serta import/eksport ke Luar Negeri/Singapura dengan fasilitas tambatan yang ada saat itu 36 meter terdiri dari kayu.

Kemudian pada tahun 1981/1982 tambatan/dermaga yang ada diperpanjang dari 36 meter menjadi 162 meter dengan konstruksi kayu untuk meningkatkan kapasitas bongkar muat. Selanjutnya pada tanggal 21 Januari 1984 Pelabuhan Batu Enam Tg.Pinang diresmikan namanya oleh Direktur Jenderal Perhubungan Laut Bapak Pongky Soepardjo dengan nama SRI PAYUNG.

Penggunaan nama Sri Payung, sesuai dengan nama Sungai yang bermuara di dekat Pelabuhan, yaitu Sungai Payung dan dengan kondisi perairannya yang memungkinkan, telah menjadi tempat kapal berlabuh dan bertambat sejak Zaman Kerajaan Melayu Riau dahulu. Sedangkan perkataan SRI bermakna kekuatan kehidupan.

Sebelum tahun 1984 kegiatan turun dan naik penumpang kapal laut di Pelabuhan Tanjung Pinang, adalah dengan sistem “Rede Transport”, yaitu kapal penumpang ukuran besar seperti Kowan Maru, Belle Abeto May Abeto dan Tampomas berlabuh di belakang Pulau Penyengat dan selanjutnya dengan mempergunakan motor pompong dan alat angkutan lainnya, dibawa ke Pelabuhan Tanjung Pinang (Sri Bintan Pura saat ini).

Setelah diadakan beberapa kali survey sejak tanggal 13 Mei 1981 sampai dengan 31 Oktober 1982, maka pada tanggal 9 Juni 1982 diadakan perletakan batu pertama pembangunan pelabuhan Nusantara di Kijang oleh Pangkowilhan I Sumatera dan Kalimantan Barat dan selesai pada tanggal 14 Desember 1983, pada tanggal 21 Juli 1984 diresmikan pemakaiaannya oleh Dirjen Perhubungan Laut, Bapak Pongky Soeparjo serta diberi nama Pelabuhan Sri Bayintan Kijang.

Pelabuhan yang dibangun di Sungai Kolak Kijang tersebut dibangun dengan konstruksi kayu dan dilengkapi dengan 2 (dua) buah Berthing Dolphin”, selain untuk menampung angkutan penumpang tanpa melalui “Rede Transport”, diharapkan juga dapat menampung kegiatan angkutan barang untuk kapal dengan ukuran 10.000 DWT.

Pemberian nama SRI Bayintan Kijang adalah berdasarkan cerita lama yang mengisahkan adanya suatu bahtera besar dari kerajaan Sri Wijaya dimana didalam perjalanannya ke negeri Cina terdampar disebuah pulau dan oleh anak buah kapal, pulau tersebut diberi nama Bayintan, yang berarti bintang-bintang yang cemerlang. Dan seterusnya pulau tersebut lebih dikenal dengan nama Pulau Bintan.

Perkataan SRI, selain berarti semangat kehidupan, juga mengambil dari nama penguasa-penguasa dari Imperium Sriwijaya, seperti Sri Lelawangsa, Sri Utama dan lain-lain.Saat ini Pelabuhan Sri Bayintan Kijang berganti nama menjadi Sei Kolak Kijang, mengingat nama sungai yang mengalir di sekitarnya bernama Sei Kolak Kijang.